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鄭成功攻打台灣時,令世子鄭經駐守廈門。鄭經與五弟鄭智的乳母陳昭娘私通,生下鄭克𡒉。世子妃唐氏祖父唐顯悅非常憤怒,上奏鄭成功世子亂倫之事,鄭成功下令洪旭等駐廈門將領處死董王妃 (鄭經生母)、鄭經、陳昭娘、鄭克𡒉,但諸將未有從命。諸將抗命之事傳回台灣,明鄭政權隱然出現分裂。

鄭成功病逝,在台諸將 (黃昭、蕭拱宸等) 推舉鄭襲為繼任人。鄭經親至澎湖,與黃昭、蕭拱宸等協商不成,遂率軍東征。東征軍於鹿耳門登陸,與黃安軍隊會合,向東都明京,即赤崁樓進發。黃昭率軍對抗失敗,中流矢身亡,諸將皆降,鄭經獲得最後勝利。

隨著蕭拱宸等人遭斬首,鄭襲被禁錮於廈門,鄭經爭位成功。不過,鄭襲未幾降清,鄭泰 (鄭成功堂兄) 亦暗中和清朝聯絡,鄭經監禁鄭泰,鄭泰的弟弟和兒子投靠清朝。康熙帝拉攏荷蘭人組成聯軍對抗鄭經,金門、廈門失守。明鄭政權能保有的地方,就只有台灣。

永曆帝被吳三桂殺死,但鄭經仍用「招討大將軍」印信,奉「永曆」年號。清荷聯軍攻澎湖,遇颱風無功而還。自此,清朝放棄進攻台灣,鄭經也認為:

(台灣幅員數千里,糧食數十年,四夷效順,百貨流通,生聚教訓,足以自強。又何慕於藩封?何羨於中土哉?(《康熙統一台灣檔案史料選輯》)

集中力量經營台灣於是正式取代恢復中原。

鄭經一方面不向清朝俯首稱臣,一方面加強控制台灣各地,令荷蘭放棄搶奪。

他又重用陳永華為智囊軍師,大力發展貿易,包括:賄賂清朝將領進行走私、安排沿海流民轉運貨物、進行婦女人口販賣等。日本德川幕府、英國東印度公司皆是其貿易夥伴。鄭經更從英國人手中取得火藥和兵器,英國人幫助鄭經訓練炮兵,甚至借出英軍炮兵協助作戰。

「三藩之亂」爆發,鄭經率艦隊渡海西征,支援福建的耿精忠。可是,二人不久交惡,耿精忠降清,鄭經須獨自面對清軍主力,他卒之被擊敗,退返廈門。經過和談,鄭軍撤離大陸,退守台灣。

長期征戰令明鄭政權入不敷支,軍隊缺乏補給。清朝厲行海禁,尤其打擊明鄭政權的商業貿易活動。鄭經於困窘中去世,享年四十歲,兒子鄭克𡒉繼位。

克𡒉在鄭經西征時監國台灣,為人剛毅堅決,頗有鄭成功風範。他娶陳永華三女為妻,獲陳永華輔助。永華死,劉國軒、馮錫範等西征將領手握兵權,克𡒉逐漸被孤立、架空。馮錫範等發動「東寧政變」,罷黜克𡒉,改立女婿、鄭經次子鄭克塽。《閩海紀要》卷下:

錫範以克𡒉非世藩之子,且欲立其婿克塽;乃與國軒及諸公子請於董太妃,收還劍印。尋縊殺之。

克𡒉正室陳妃懷有身孕,於絕食數日後殉死。

今台南市延平郡王祠有「夫死婦亦死,君亡明乃亡」對聯紀念鄭克𡒉夫婦,此聯準確點出明鄭政權敗亡的關鍵。